哥斯拉自北極現身，南下引發震撼
故事一開始，哥斯拉突然從北極的冰層中甦醒現身，隨即展現壓倒性的破壞力，不僅擊沉了核潛艇「海洋號」，更摧毀了北極的軍事基地，之後一路朝南方移動。這場突如其來的怪獸危機，讓日本與周邊地區立刻進入高度警戒狀態，也為後續的人類反擊與怪獸對決埋下伏筆。哥斯拉的行進路線與破壞規模，讓全世界都意識到，這次面對的不只是單純的巨大生物，而是足以撼動國家安全的災難。
太平洋製藥的宣傳計畫意外揭開金剛之謎
與此同時，太平洋製藥的宣傳部門為了提升節目收視率，決定利用傳說中的「發俄島魔神」來製造話題。公司派出宣傳人員櫻井與古江前往發俄島調查，沒想到他們抵達後才發現，所謂的魔神竟然就是金剛。兩人隨即設法將金剛弄暈，並把他運送到日本，準備作為宣傳與節目效果的核心。這一段安排看似荒唐，卻也正式把金剛帶入人類與哥斯拉的對抗舞台，讓兩大怪獸的命運開始交錯。
金剛初到日本，與哥斯拉首次正面交鋒
然而，金剛的運送過程並不順利，日本政府很快便攔截了載運金剛的船隻。就在局勢陷入僵持之際，金剛竟從麻醉中甦醒，並在運輸船上脫困逃出，直接游向日本本土。之後，牠在那須高原與哥斯拉首次對決，正式拉開兩頭怪獸的正面戰爭。第1回合由哥斯拉的放射火焰取得優勢，金剛一度被擊倒，似乎難以與哥斯拉抗衡。這場交戰不只是怪獸之間的力量比拼，也象徵著人類對自然恐懼的正面爆發。
自衛隊展開火焰與電流作戰，哥斯拉一度受阻
面對哥斯拉持續逼近，自衛隊立即啟動「火焰攻擊大作戰」，將汽油倒入河中點燃，試圖以火焰形成阻隔，阻止哥斯拉直接渡河。沒想到哥斯拉雖然兇猛，卻在高壓電流設下的防線前無法順利突破，甚至還被電擊威嚇後暫時逼退。這一段戰略行動顯示，人類雖然在力量上遠不及怪獸，但仍試圖利用環境與科技爭取有限的生存空間，也為後續更激烈的防禦行動鋪路。
金剛衝破電塔防線，直闖市中心釀成危機
另一方面，逃離現場的金剛面對原本用來阻擋哥斯拉的電塔，卻能輕易突破，甚至像是沉迷一般大量吸收電流。金剛在得到電力補給後變得更加狂暴，最終一路衝進市中心，造成嚴重破壞。牠還抓走了櫻井的妹妹作為人質，並登上國會會議廳，讓局勢瞬間升級為人質危機。為了制止金剛繼續失控，自衛隊不得不改變戰術，展開新的應對方案，試圖在保住城市與救出人質之間找到平衡。
「美味果汁迷迷糊糊大作戰」讓金剛再度昏迷
自衛隊隨後利用法羅島體細胞莓汁，發動名為「美味果汁迷迷糊糊大作戰」的奇襲。大量莓汁從天而降，在空中爆炸後灑落到金剛身上，結果竟成功讓金剛陷入昏迷。這場行動雖然帶有誇張的喜劇色彩，卻確實發揮了效果，讓一度失控的金剛暫時失去行動能力。為了避免金剛再次對城市造成破壞，自衛隊緊接著又策畫下一步行動，準備將牠從市區徹底轉移出去。
氣球輸送大作戰與富士高原再戰哥斯拉
為了防止金剛再次破壞城市，自衛隊又展開「氣球輸送大作戰」，在金剛身上綁上大型氣球，將牠一路運往富士地區。被送至富士高原後，金剛與哥斯拉再次展開決戰。這一次，哥斯拉依舊憑藉強大的力量將金剛擊倒，並再度噴出放射火焰，導致森林被火勢吞噬。眼看金剛似乎又要落入下風，沒想到天候突變，一場雷暴恰好經過現場，閃電擊中金剛，電流反而被吸入牠的體內，使金剛重新甦醒，還像超級賽亞人般進入強化狀態。
最終決戰熱海城，金剛逆轉擊敗哥斯拉
獲得雷電力量的金剛再度挑戰哥斯拉，並使出雷擊拳，雙手抓住哥斯拉的尾巴後，猛然以三百六十度旋轉將對方甩飛到另一處，再接連展開近身戰。兩頭怪獸一路激戰，最終把熱海城徹底破壞殆盡，連山體也在衝撞中崩裂。最後，哥斯拉與金剛雙雙滾落山坡，跌入大海。等到海面恢復平靜，人們只看見金剛的身影浮現，哥斯拉則不見蹤影，意味著這場對決由金剛獲得最終勝利。整個故事也因此成為哥斯拉與金剛跨時代對決中最具代表性的經典篇章。
官方記錄與哥斯拉地位的特殊處理
事實上，東寶當年為了避免得罪美國，故事表面上安排成哥斯拉敗北，但為了維持哥斯拉在日本怪獸界「怪獸王」的地位，官方網站最終卻將結果寫成平手。根據記錄，哥斯拉與金剛共戰三場，分別在富士山以一敗收場，在電塔戰中取得一勝，在熱海城之戰再拿下一勝。這樣的設定既保留了金剛勝出的戲劇效果，也兼顧了哥斯拉作為招牌怪獸的形象，讓這場經典怪獸大戰成為影迷長久討論的話題。