2043年的审判危机
故事发生在2043年7月1日，犯罪大王将军（卢惠光饰）终于落网，被警方正式逮捕。按照程序，一周之后，他将由铁面无私的法官余铁雄（张卫健饰）亲自主审。对于将军来说，这场审判意味着多年来罪行的清算，也意味着他苦心经营的黑暗势力即将彻底崩塌。为了逃脱法律制裁，将军决定铤而走险，派出自己最得力的黑社会爪牙健（郑伊健饰）回到50年前，设法找到年轻时期的余铁雄，并对他进行洗脑，让他失去审判将军的能力。面对这样的阴谋，政府迅速意识到事态的严重性，随即启动特殊行动，派出飞龙特警铁面（刘德华饰）、扫帚头（张学友饰）和发达星（任达华饰）返回1993年，抢先一步保护余铁雄的成长轨迹不被破坏。
重返1993年的校园任务
三名特警穿越时空后，来到1993年的香港校园，为了尽快接近目标，他们各自伪装成不同身份潜入学校。扫帚头摇身一变，成为校内老师；铁面则化身为普通学生，混入大雄的同班同学之中；发达星则扮演大雄身边的小跟班，负责打探消息并协助行动。此时的大雄，是一名在1993年中学里长期留班的学生，因为成绩和性格原因，常常成为同学余忌安（许志安饰）欺负的对象，动辄被作弄、毒打，日子过得十分狼狈。唯一让他感到温暖的，是女友采妮（杨采妮饰），她一直真心陪伴在大雄身边，给予他少有的安慰与支持。飞龙特警为了接近线索，不仅帮大雄出头打赢余忌安，还试图从他口中套出余铁雄的下落，希望尽快锁定保护对象。
找寻余铁雄的关键线索
然而，事情并没有想象中顺利。尽管大雄被特警们帮助后对他们渐渐放下戒心，但当他们向他询问余铁雄的情况时，大雄却一脸茫然，坚称学校里根本没有名叫余铁雄的人。这一发现让飞龙三人陷入困惑，因为按照政府掌握的资料，余铁雄应该就存在于这所学校之中，是他们必须守护的重要人物。与此同时，真正的危险也在悄然逼近。将军派来的健同样没有闲着，他也乔装成老师混入校园，伺机寻找机会接近余铁雄，准备在暗中完成洗脑计划。校园表面上依旧是普通的学习环境，实际上却已经成为两股势力交锋的前线，任何一个细微的疏忽，都可能让未来的历史彻底改写。
混乱中的家庭与命运
就在飞龙特警忙于查找余铁雄下落、健四处渗透之际，大雄的家庭生活也迎来了新的变化。他的母亲准备改嫁理查德余，这一消息让原本就不平静的生活变得更加复杂。面对校园里的霸凌、感情上的依靠，以及家庭关系的转折，大雄的成长轨迹似乎正在悄然发生变化，而这一切都可能与未来那场关键审判产生意想不到的联系。特警们渐渐意识到，寻找余铁雄并不只是单纯地确认一个人的身份，更像是在与时间赛跑，必须在历史被改写之前，阻止将军的阴谋得逞。随着健的潜伏越发深入，校园里的每一次接触、每一次误会、每一次冲突，都可能成为决定胜负的关键。
能否守住未来的审判结果
在这场跨越50年的任务中，飞龙特警不仅要面对狡猾的敌人，还要应对时空错位带来的种种麻烦。他们必须在不暴露真实身份的前提下，保护余铁雄不被洗脑，同时还要尽快确认目标的真实位置。对他们来说，1993年的校园不再只是一个普通的过去，而是决定2043年正义能否实现的重要战场。究竟飞龙三特警能不能突破重重阻碍，阻止将军的黑暗计划，成功守住余铁雄的未来命运，最终完成这场看似荒诞却又紧张刺激的穿越任务，成为整个故事最大的悬念。