2043年惊天审判与时空危机
2043年7月1日，犯罪大王“将军”终于落网，被警方成功逮捕。按照程序，一周之后，他将由铁面无私的法官余铁雄主审。眼看自己即将受到法律制裁，将军自然不甘心束手就擒，于是暗中派出自己最得力的黑社会爪牙健，回到50年前的过去，设法找到年少时期的余铁雄，并通过洗脑手段让他失去正常判断能力，从根源上破坏这场审判。
政府得知这一阴谋后，立即意识到事态严重：一旦余铁雄的意志被扭曲，未来的审判也将随之改变，甚至可能让将军逃脱法律制裁。为了阻止这一切发生，政府决定派出飞龙特警铁面、扫帚头和发达星三人，利用时空技术返回1993年，提前保护余铁雄，阻止敌人的阴谋得逞。
穿越回1993年的校园任务
三名特警成功回到1993年后，开始在一所中学里展开秘密行动。为了更好地接近目标，他们分别伪装成不同身份，铁面化身学生混入校园，扫帚头则摇身一变成为学校老师，发达星则担任大雄的跟班，从最贴近目标的角度搜集线索，寻找余铁雄的下落。
然而，他们很快发现，想要在陌生的年代里完成任务并不容易。学校环境与未来截然不同，人物关系也错综复杂，稍有差池就可能暴露身份。更麻烦的是，三人刚进入校园，便被卷入了一场又一场与学生生活相关的麻烦之中，原本只需保护一个人，却逐渐演变成要面对整个校园里的矛盾与冲突。
大雄的校园困境与身份之谜
当时的大雄，是一名在93年中学里长期留班的学生，成绩和表现都不理想，常常成为同学余忌安作弄、欺负的对象。余忌安仗着自己在学校里的强势地位，经常对大雄进行毒打和羞辱，让大雄在校园里几乎抬不起头来。即便如此，大雄依旧默默承受着一切，显得既软弱又无奈。
在他最落魄的时候，只有女友采妮始终对他真心相待。采妮的出现，成了大雄生活中少有的温暖与支撑，也让他在一次次被欺压之后，仍然保留着一点面对未来的勇气。飞龙三特警为了接近大雄、获取线索，便开始有意介入他的生活，借着帮他摆脱欺负的机会，试图从他口中探出余铁雄的消息。
可惜，大雄对此并不知情。当特警们向他打听余铁雄时，大雄却一脸茫然，表示校内根本没有这个名字的人存在。这个结果让三人意识到，事情也许比想象中更复杂，余铁雄的真实身份和所在位置，似乎都藏在更深的谜团之中。
双线潜入与危机升级
就在飞龙特警努力寻找线索的同时，另一边的健也已经悄悄潜入校园，并伪装成老师，开始在学校内部活动。这样一来，校园中便形成了两股看不见的较量力量：一边是肩负保护任务的飞龙三特警，另一边则是奉命前来破坏未来审判的黑帮势力。双方都在暗中行动，谁先找到余铁雄，谁就可能决定整件事的走向。
随着时间推移，校园里的气氛也变得越来越紧张。大雄原本平静又单调的生活，因为特警和健的同时出现而彻底被打乱。他不仅要面对同学的欺凌，还要应付接连不断的异常事件，甚至连家里的情况也开始发生变化。就在此时，大雄的母亲准备改嫁理查德余，这一家庭变故让大雄的处境更加复杂，也让原本看似独立的校园故事与家庭线索交织在一起，形成更大的冲突。
飞龙特警能否完成使命
面对健的步步紧逼、余铁雄行踪不明以及校园内外不断升级的麻烦，飞龙特警必须在有限时间内完成任务。他们不仅要保护未来的关键人物余铁雄，还要阻止将军的阴谋继续发展，更要在不改变历史走向的前提下，谨慎处理与大雄、采妮以及其他学生之间的关系。任何一个细节出错，都可能让这场跨越50年的追击任务功亏一篑。
在笑料不断、混乱频发的过程中，影片将未来与过去、警匪与校园、时空与命运巧妙交织在一起。看似只是一次回到1993年的保护行动，实际上却牵动着未来正邪对决的最终结局。飞龙特警能否在健完成洗脑之前找到余铁雄？大雄又是否会在这场时空风波中无意间成为关键人物？所有答案，都将在这场充满悬念与戏剧冲突的行动中逐渐揭晓。