方世玉与大清武馆结怨，苗翠花带子上少林
故事一开始，方世玉（小侯）便因为与大清武馆的高手（刘家良）结下梁子，平静的日子被彻底打破。方世玉年轻气盛，武功不弱，也正因如此，遇事往往不肯低头，冲突一旦爆发，便很难轻易收场。为了避免儿子继续卷入与对方的争斗之中，方世玉的母亲苗翠花（李丽丽）不得不亲自出面，暗中将方世玉带上少林寺，希望借助佛门清净之地暂避风头，也希望他能收敛锋芒，重新磨炼性子。
苗翠花深知儿子的个性倔强，单靠劝说很难让他安分下来，因此她特地求见少林高僧三德和尚（刘家辉），恳请对方收方世玉为俗家弟子。她的用意很明确，一方面是让方世玉有个安身之处，另一方面也希望借少林的规矩和修行，压一压他过于张扬的性格，让他真正学会做人做事的分寸。
入寺之后闯祸不断，方世玉终被逐出少林
然而，方世玉到了少林之后，并没有因为身处寺中而有所收敛。相反，他对自己的功夫十分自负，认为自己本领不凡，常常不把寺中的规矩放在眼里。少林寺虽是武学重地，却也讲究戒律和秩序，方世玉屡次惹事生非，时不时在寺内闹出乱子，令三德和尚头疼不已。
方世玉一味逞强，既不肯安心修行，也不愿真正听从师父教诲，久而久之，矛盾越积越深。三德和尚虽然看出他天资不俗，却也明白若不加以严加约束，终究只会惹出更大的祸端。经过再三权衡，三德最终还是决定将方世玉逐出少林，以免他继续影响寺中清净，也让他暂时离开这个是非之地。
奸人提督设下陷阱，诱方世玉与房九杰离寺
就在方世玉被赶出少林之后，奸人提督（白彪）看准时机，趁势出手。他深知方世玉年轻气盛、又刚刚受挫，心中必有不甘，于是故意设下圈套，诱使方世玉与房九杰一同离开少林。提督的真实目的并不单纯，他表面上是拉拢与利用，实则暗藏杀机，企图将众人一网打尽，借此铲除心腹隐患。
方世玉等人对提督的阴谋并未完全察觉，在局势变化之下逐步踏入对方布下的陷阱。随着房九杰等人陆续失踪，事态也变得越来越诡异。原本只是武林恩怨与少年意气之争，转眼间却演变成一场蓄谋已久的阴险算计，背后牵扯的权势与杀机也随之浮出水面。
三德察觉异样，苗翠花联手应对督府危机
三德和尚毕竟阅历深厚，见到房九杰失踪、方世玉又久未归来，立刻察觉事情不对。他心里清楚，这绝不是普通的离寺闹事，而是有人刻意布局，借机将少林与方世玉一系逐步引入险境。形势紧迫之下，三德不再犹豫，立即想到与苗翠花联手，共同查明真相，阻止更大的灾祸发生。
于是，三德约见苗翠花，二人决定一同前往督府，准备面对旗兵的围困与提督的阴谋。苗翠花虽然性格泼辣，行事果断，但在大是大非面前同样毫不含糊；三德则沉稳老练，能够从容判断局势。两人一个机敏凌厉，一个沉着应变，联手之后，势必要与督府中的恶势力正面周旋，为方世玉和失踪众人争取一线生机。
少林风波升级，方世玉卷入更大江湖漩涡
从少林寺的短暂停留，到被逐出寺门，再到落入提督精心布置的陷阱，方世玉的命运始终被一连串突如其来的变故推着前行。他原本只是因为个人恩怨而卷入纷争，却在不知不觉间牵动了武林、官府与督府之间更复杂的对立。苗翠花为了保护儿子，不得不一次次挺身而出；三德和尚则为了守住正道与少林声誉，也不得不出手介入。
整段故事由方世玉与大清武馆高手的结怨展开，层层递进至少林逐徒、奸人设局、众人失踪，再到三德与苗翠花联手奔赴督府。每一步都暗藏危机，每一个转折都将矛盾推向更高峰。方世玉能否摆脱提督的毒计，房九杰能否平安归来，督府中的阴谋又将如何收场，所有悬念都在这场风波中不断加深，也让整部故事充满了紧张刺激的江湖气息与强烈的戏剧张力。